| 順位 | チーム | 勝 | 負 | 分 | 勝点 | 得点 | 失点 | 差 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Honda FC | 13 | 0 | 2 | 41 | 34 | 8 | 26 |
| 2 | ヴァンラーレ八戸 | 9 | 2 | 4 | 31 | 20 | 7 | 13 |
| 3 | ソニー仙台FC | 9 | 5 | 1 | 28 | 37 | 25 | 12 |
| 4 | FC今治 | 8 | 4 | 3 | 27 | 35 | 16 | 19 |
| 5 | MIOびわこ滋賀 | 8 | 4 | 3 | 27 | 22 | 17 | 5 |
| 6 | 東京武蔵野シティFC | 7 | 5 | 3 | 24 | 28 | 18 | 10 |
| 7 | ヴェルスパ大分 | 7 | 5 | 3 | 24 | 16 | 14 | 2 |
| 8 | FC大阪 | 7 | 6 | 2 | 23 | 22 | 17 | 5 |
| 9 | テゲバジャーロ宮崎 | 6 | 4 | 5 | 23 | 23 | 24 | -1 |
| 10 | FCマルヤス岡崎 | 5 | 7 | 3 | 18 | 12 | 16 | -4 |
| 11 | 奈良クラブ | 4 | 6 | 5 | 17 | 11 | 12 | -1 |
| 12 | ヴィアティン三重 | 4 | 8 | 3 | 15 | 22 | 32 | -10 |
| 13 | ラインメール青森 | 4 | 8 | 3 | 15 | 20 | 30 | -10 |
| 14 | ホンダロックSC | 2 | 7 | 6 | 12 | 16 | 27 | -11 |
| 15 | 流経大ドラゴンズ龍ケ崎 | 2 | 11 | 2 | 8 | 12 | 37 | -25 |
| 16 | コバルトーレ女川 | 0 | 13 | 2 | 2 | 10 | 40 | -30 |