| 順位 | チーム | 勝 | 負 | 分 | 勝点 | 得点 | 失点 | 差 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Honda FC | 12 | 1 | 2 | 38 | 42 | 17 | 25 |
| 2 | FC大阪 | 11 | 3 | 1 | 34 | 32 | 17 | 15 |
| 3 | ヴァンラーレ八戸 | 7 | 4 | 4 | 25 | 23 | 14 | 9 |
| 4 | 東京武蔵野シティFC | 7 | 4 | 4 | 25 | 21 | 18 | 3 |
| 5 | 奈良クラブ | 8 | 6 | 1 | 25 | 22 | 20 | 2 |
| 6 | ソニー仙台FC | 7 | 5 | 3 | 24 | 30 | 18 | 12 |
| 7 | FC今治 | 6 | 5 | 4 | 22 | 28 | 16 | 12 |
| 8 | ラインメール青森 | 6 | 5 | 4 | 22 | 18 | 18 | 0 |
| 9 | ヴィアティン三重 | 5 | 5 | 5 | 20 | 18 | 20 | -2 |
| 10 | MIOびわこ滋賀 | 5 | 6 | 4 | 19 | 16 | 18 | -2 |
| 11 | ホンダロックSC | 4 | 6 | 5 | 17 | 13 | 25 | -12 |
| 12 | ヴェルスパ大分 | 4 | 8 | 3 | 15 | 13 | 24 | -11 |
| 13 | コバルトーレ女川 | 4 | 8 | 3 | 15 | 9 | 28 | -19 |
| 14 | FCマルヤス岡崎 | 3 | 8 | 4 | 13 | 21 | 30 | -9 |
| 15 | 流経大ドラゴンズ龍ケ崎 | 2 | 8 | 5 | 11 | 8 | 15 | -7 |
| 16 | テゲバジャーロ宮崎 | 3 | 12 | 0 | 9 | 20 | 36 | -16 |