| 順位 | チーム | 勝 | 負 | 分 | 勝点 | 得点 | 失点 | 差 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Honda FC | 19 | 5 | 6 | 63 | 59 | 30 | 29 |
| 2 | ソニー仙台FC | 16 | 7 | 7 | 55 | 60 | 34 | 26 |
| 3 | FC今治 | 13 | 5 | 12 | 51 | 41 | 26 | 15 |
| 4 | 東京武蔵野シティFC | 13 | 8 | 9 | 48 | 44 | 39 | 5 |
| 5 | テゲバジャーロ宮崎 | 11 | 11 | 8 | 41 | 37 | 34 | 3 |
| 6 | ホンダロックSC | 10 | 9 | 11 | 41 | 41 | 39 | 2 |
| 7 | ヴェルスパ大分 | 10 | 10 | 10 | 40 | 42 | 36 | 6 |
| 8 | FC大阪 | 10 | 10 | 10 | 40 | 33 | 32 | 1 |
| 9 | MIOびわこ滋賀 | 11 | 12 | 7 | 40 | 27 | 40 | -13 |
| 10 | ヴィアティン三重 | 10 | 11 | 9 | 39 | 38 | 34 | 4 |
| 11 | FCマルヤス岡崎 | 9 | 10 | 11 | 38 | 30 | 30 | 0 |
| 12 | 鈴鹿アンリミテッド | 9 | 12 | 9 | 36 | 43 | 47 | -4 |
| 13 | ラインメール青森 | 9 | 12 | 9 | 36 | 40 | 44 | -4 |
| 14 | 奈良クラブ | 8 | 12 | 10 | 34 | 27 | 32 | -5 |
| 15 | 松江シティFC | 5 | 15 | 10 | 25 | 26 | 51 | -25 |
| 16 | 流経大ドラゴンズ龍ケ崎 | 5 | 19 | 6 | 21 | 35 | 75 | -40 |